1、办公室：负责全区卫生系统对有关文件及会议精神的上传下达；负责局机关、信访、文书档案、政策法规、信息、后勤保障、文字材料整理及印鉴的管理和使用；负责全卫生系统的党务管理、精神文明建设、纪律检查、综合治理、老干部和纠正行业不正之风工作。

2、人事科：负责全区卫生系统的人员调配、工作管理、编制管理、职称评定、人事档案管理、人事考核及奖惩管理和卫生类毕业生的就业指导及安置工作。

3、计财科：负责编制全区卫生系统的预算和决算，并对预算执行情况进行监督；负责全卫生系统的内部审计，计划编制，财务工作汇总与审核及卫生局机关的财务收支管理；负责全区未参加医保单位的公费医疗管理工作。

4、医政科：负责全区卫生事业发展规划、医疗机构设置规划并组织实施；统筹规划与协调卫生资源配置；组织实施社区卫生服务标准；组织实施医务人员执业标准、医疗质量控制标准和服务规范；依法组织制定和实施医疗机构、卫生人员、医疗设备、卫生技术的准入制度；负责审批辖区内不设床位或床位不满100张的医疗机构的设置；依法管理医疗市场；组织实施中医、中药、中西医结合工作的发展规划；负责全区医疗机构纠纷鉴定及医疗执法案件听证、复议工作。

5、防疫科：负责全区妇幼卫生、预防保健、职业卫生、公共卫生的发展规划，并组织实施；指导初级卫生保健和母婴保健专项技术的实施；贯彻预防为主的方针，组织、指导全民健康教育活动；制定对人群健康危害严重的防治规划；依法监督管理传染病防治、一次性医疗用品消毒、消杀器械和食品、劳动、公共场所、饮用水、卫生保健品、化妆品、放射、学校卫生工作；组织调度全区卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生、蔓延；对重大突发人身伤亡、中毒事故进行现场紧急救治。